Olá pessoal,
Com o linux aberto entrem no modo texto (terminal) e digite:

mkisofs -r -J -o nome_do_arquivo.iso /home/pastadousuario

Pronto! A sua iso esta criada com todos os dados da pastadousuario especificada acima.

Obs: A iso será criada dentro da pasta que você está, então caso você tente criar a iso estando na pasta do usuário irá da erro.

Para ver a pasta em que você se encontra digite no terminal: pwd

Até a próxima.